两江总督这个职位，最早产生于顺治年间，最终确立在康熙年间。这是清朝最早确立的总督职位。其余辖区的总督，需要经过更长时间的摸索，才逐步定型。从这里也可以看出清朝对于两江地区的重视。明朝时，两江地区直属南京管辖。南京是当时的陪都。跟北京的直隶省并列天下。

两江地区又延绵了唐宋时的富饶，运河开通后，水系交通便利，让其他地区自愧不如。即便一向以外贸见长的两广地区，在商贸上，跟两江地区仍有很大差距。

对于这样一个富饶，却有深厚历史纠葛的地区。清朝既想用，又要防。对于清朝而言，两江地区好比一把利刃。握在自己手中，可以增加实力。光是每年的赋税人才，就足以让人眼馋。

可是，如果握在别人手中，朝廷就要遭难了。为了解决这个问题，清朝除了屯扎重兵，防止意外情况发生。同时，对两江总督的职权和驻地，进行特别的设置。

一般而言，清朝设立地方总督、巡抚时，会尽量避免这两个职位驻地在同一个地区。因为总督、巡抚都掌握着军政大权。如果驻地在一起，很容易产生冲突。

一般来说，都会让总督兼任当地巡抚的职务。比如闽浙总督的驻地在福州。所以，福建巡抚就由闽浙总督兼任。可是，两江总督却跟江苏巡抚驻扎在同一个省份。江苏巡抚驻扎苏州，两江总督驻扎南京。

这种不同，背后当时也是为了方便管理。对于总督、巡抚，朝廷需要它们在地方上有足够的职权发挥。同时，又担心它们在下面抱成一团。为了解决这个问题。朝廷一方面让总督、巡抚之间的职权，互相交织。